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2285年，联邦星舰进取号在与可汗的战斗中受损返回地球太空港维修。柯克感到悲伤，因为斯波克去世了。麦科伊医生表现出一些异常的行为，比如擅自闯入被封闭的斯波克的舱房，行为混乱等，最后他被送进医院接受精神检查。斯科提被分配到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部下令禁止进入创世星。柯克被告知进取号即将退役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克，告诉他斯波克的遗体必须送回瓦肯星，否则他的灵魂无法安息。沙瑞克请求柯克回到创世星，找回斯波克的遗棺并将其带回瓦肯星。由于斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，麦科伊也必须前往瓦肯星。然而，星际舰队不允许进取号离开太空港。麦科伊听到消息后计划招募一艘飞船返回创世星。在与人争吵时，他被逮捕，但这并没有影响计划。在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下，麦科伊成功逃脱，并与他们一起登上被废弃的进取号。为了避免追捕，斯科提还损坏了精进号的引擎。六个人冒着毁灭一生事业的风险，驾驶进取号前往创世星。期间，克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造成新式武器，克鲁格船长领导一艘克林贡猛禽战舰前去夺取或摧毁这个战略性武器。在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士和莎维可上尉在创世星的轨道上进行科学考察。他们很快在地面上创造了生命形式。出于好奇心，他们传送到星球表面并创造了斯波克的空棺。根据生命形式的读数，他们创造了一个幼年斯波克的活体，它的生长速度很快，但没有意识或灵魂。克林贡人同时抵达创世星，摧毁了葛瑞森号，并俘虏了莎维可、马库斯和幼年斯波克作为人质。不久，进取号也抵达穆塔拉星区，很快被克鲁格和他的克林贡战士击败。由于克林贡人威胁要夺走人质的生命，柯克采取了一个计谋重新掌控局面，但没有成功。随后，克林贡人杀死了戴维·马库斯。由于没有其他选择，柯克只能向克林贡人投降。为了重新获得优势，柯克冒着生命危险启动了进取号的自毁程序。进取号的船员随后传送到创世星，目睹了进取号在一片亮光中消失，同时也带走了大部分克鲁格的战士。柯克最终与他的团队从克林贡人手中救出了斯波克和莎维可，并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星的特殊力量，斯波克的遗体得以重生，并以惊人的速度成长。离开不稳定的创世星时，斯波克正好达到他去世时的年龄。登上夺回的克林贡战舰时，创世星开始爆炸。在沙瑞克的保护下，克林贡战舰抵达瓦肯星。经过危险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开麦科伊的意识，回到自己的身体中。仪式最终成功，重生的斯波克开始重新回忆起他的过去和朋友们。他问进取号的船员们为什么冒着生命危险和毁掉事业的风险救他，柯克告诉他有时候需要牺牲个人成就大局。